ͯÑÕÊÓƵ

Wallenberg Molekylär Medicin Fellow: Cancer

Remeseiros forskargrupp fokuserar på 3D-genomik och kromatinbiologi vid hjärncancer.
Vi är ett tvärvetenskapligt team som kombinerar expertis inom multiomik-ansatser—including 3D-genomik—med avancerad beräkningsanalys, allt förankrat i ett ramverk för funktionell genomik som integrerar både in vitro- och in vivo-validationssystem.
Det övergripande målet med vår forskning är translationellt: att identifiera och rikta in oss på epigenetiska regulatorer för att störa neuron-till-gliom-synaptisk kommunikation vid glioblastom.

Forskningsintresse

Glioblastom är den mest dödliga och aggressiva, men också den vanligaste av alla primära hjärntumörer. De flesta genetiska varianter som predisponerar för cancer finns i icke-kodande genomiska regioner berikade med förmodade regulatoriska sekvenser. Förändringar i dessa DNA sekvenser får stor inverkan på genuttrycket vid cancer. Trots att ett flertal loci har identifierats som ökar risken att drabbas av glioblastom, så saknas en funktionell förståelse av hur det icke-kodande regulatoriska genomet bidrar till patogenes.

Vår forskning är inriktad på att förstå hur omprogrammering av regulatoriska regioner och topologiska förändringar i 3D-kromatinorganisationen leder till en dysfunktionell genreglering vid glioblastom. Vi för samman kunskap från olika biologiska och tekniska fält för att studera glioblastom. Vi använder nästa generationens sekvenseringsmetoder, genomredigering och mikroskopi i både glioblastom-musmodeller och humana gliomcellinjer.

Just nu studerar vi samspelet mellan glioblastomgenomets 3D-kromatinorganisation och dess epigenetiska och transkriptionella landskap. Vi undersöker hur detta bidrar till malignitet och hur detta integrerar signaler från nervcellerna i tumörens mikromiljö för att styra genuttrycket vid glioblastom.

Labbets styrkor

I labbet kombinerar vi toppmoderna metoder från olika fält. Vi har expertis inom “omik”-baserade metoder (t.ex. HiChIP, 4C-seq, HiC, ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq), bioinformatik, CRISPR-Cas9-baserad (epi-)genomredigering, musgenetik, musmodeller av cancer och mikroskopi. Vi använder dessa tekniker för att studera 3D-kromatinorganisation och genreglering i både musmodeller och cellinjer från glioblastompatienter.

Publikationer

Pre-Prints
Nissen A, Dakhel S*, Chakraborty C*, Nygaard AH, Kirkeby A, Hörnblad A, Erdem C, Silvia Remeseiro#. Gene regulatory networks linked to GABA signalling emerge as relevant for glioblastoma pathogenesis bioRxiv https://doi.org/10.1101/2025.04.30.651564

Published Articles

-    Bång-Rudenstam A, Cerezo-Magaña M, Horvath M, Talbot H, Gustafsson E, Jonathan S, Chakraborty C, Nissen I, Gonçalves de Oliveira K, Boukredine A, Beyer S, Enriquez Perez J, Johansson MC, Kjellén L, Tykesson E, Malmström A, van Kuppevelt T, Forsberg-Nilsson K, Esko J, Silvia Remeseiro+, Bengzon J, Governavv V, Belting M#. Tumor Acidosis Remodels the Glycocalyx to Control Lipid Scavenging and Ferroptosis. Nature Cell Biology (2026)

-      Nordin A, Chakraborty C, Jonasson M, Dano O, Zambanini G, Pagella P, Silvia Remeseiro#, Cantù C#. Wnt signaling activation induces CTCF binding and loop formation at cis-regulatory elements of target genes. Genome Research (2025) doi:10.1101/gr.279684.124.

-      Chakraborty C, Nissen I and Silvia Remeseiro#. What Epigenetics Teaches Us About Neuron–Glioma Interactions. BioEssays e70043 (2025) doi:10.1002/bies.70043.

-      Holm E*, Vermeulen I*, Parween S, López-Pérez A, Cillero-Pastor B, Vandenbosch M, Silvia Remeseiro+, Andreas Hörnblad#. AMPK-activator ATX-304 reduces oxidative stress and improves MASLD via metabolic switching. JCI Insight 10, e179990 (2025).

-      Dennhag N, Kahsay A, Nissen I, Nord H, Chermenina M, Liu J, Arner A, Liu J, Backman L, Silvia Remeseiro+, von Hofsten J# and Pedrosa F#. fhl2b mediates extraocular muscle protection in zebrafish models of muscular dystrophies and its ectopic expression ameliorates affected body muscles. Nature Communications (2024) 15, 1950.

-      Vincent C and Silvia Remeseiro#. The immune response behind peptide vaccination in diffuse midline glioma. Molecular Oncology. (2024), doi:10.1002/1878-0261.13686.

-      Chakraborty C, Nissen, Vincent CA, Hägglund AC, Hörnblad A, Silvia Remeseiro#. Rewiring of the promoter-enhancer interactome and regulatory landscape in glioblastoma orchestrates gene expression underlying neurogliomal synaptic communication. Nature Communications (2023) 14, 6446.

-      Vincent CA, Nissen I, Dakhel S, Hörnblad A, Silvia Remeseiro#.  Epigenomic perturbation of novel EGFR enhancers reduces the proliferative and invasive capacity of glioblastoma and increases sensitivity to temozolomide. BMC Cancer  (2023) 23:945.

-      López-Pérez A, Silvia Remeseiro+, Hörnblad A#. Diet-induced rewiring of the Wnt gene regulatory network connects aberrant splicing to fatty liver and liver cancer in DIAMOND mice. Scientific Reports (2023) 13:18666.

-      Andreas Hörnblad# and Silvia Remeseiro#. “Epigenetics, enhancer function and 3D chromatin organization during reprogramming to pluripotency.” Cells (2022) 11, 1404

-      López-Pérez A, Norlin S, Steneberg P, Silvia Remeseiro+, Edlund H#, Hörnblad A#. PAN-AMPK activator O304 prevents gene expression changes and re-mobilization of histone marks in islets of diet-induced obese mice. Scientific Reports (2021) 11:24410.

-      Dakhel S, Davies WIL, Joseph JV, Tomar T, Silvia Remeseiro+, Gunhaga L#. Chick fetal organ spheroids as a model to study development and disease. BMC Molecular and Cell Biology, (2021) 22, 37-17. http://doi.org/10.1186/s12860-021-00374-6

-      Bahr C*, von Paleske L*, Uslu VV*, Silvia Remeseiro, Takayama N, Ng SW, Murison A, Langenfeld K, Petretich M, Scognamiglio R, Zeisberger P, Benk AS, Amit I, Zandstra PW, Lupien M, Dick JE, Trumpp A#, Spitz F#. A Myc enhancer cluster regulates normal and leukaemic haemotopoietic stem cell hierarchies. Nature (2018) 553:515-520.

-      Symmons O, Pan L, Silvia Remeseiro, Aktas T, Klein F, Huber W, Spitz F. The Shh Topological Domain Facilitates the Action of Remote Enhancers by Reducing the Effects of Genomic Distances. Developmental Cell (2016) 39(5):529-543.

-      Silvia Remeseiro*, Andreas Hörnblad*, François Spitz. Gene regulation during development in the light of topologically associating domains. Wiley Interdisciplinary Reviews Developmental Biology (2016). 5(2):169-85.

-      Cuadrado A*, Silvia Remeseiro*, Graña O, Pisano DG, Losada A. The contribution of cohesin-SA1 to gene expression and chromatin architecture in two murine tissues. Nucleic Acids Research (2015) 43(6):3056-3067.

-      Silvia Remeseiro, Cuadrado A, Kawauchi S, Calof AL, Lander AD, Losada A. Reduction of Nipbl impairs cohesin loading locally and affects transcription but not cohesion-dependent functions in a mouse model of Cornelia de Lange Syndrome. Biochimica et Biophysica Acta – Molecular Basis of Disease (2013) 3;1832(12):2097-2102.

-      Lopez-Contreras AJ, Ruppen I, Nieto-Soler M, Murga M, Rodríguez-Acebes S, Silvia Remeseiro, Rodrigo-Perez S, Rojas AM, Mendez J, Muñoz J, Fernandez-Capetillo O. A proteomic characterization of factors enriched at nascent DNA molecules. Cell Reports (2013) 3(4):1105-16.

-      Silvia Remeseiro and Ana Losada. Cohesin, a chromatin engagement ring. Current Opinion in Cell Biology, (2013) 25(1):63-71.

-      Silvia Remeseiro, Cuadrado A, Losada A. Cohesin in development and disease. Development (2013) 140(18):3715-8.

-      Silvia Remeseiro, Cuadrado A, Carretero M, Martínez P, Drosopoulos WC, Cañamero M, Schildkraut CL, Blasco MA, Losada A. Cohesin-SA1 deficiency drives aneuploidy and tumourigenesis in mice due to impaired replication of telomeres. EMBO Journal (2012) 31:2076-2089.

-      Silvia Remeseiro*, Cuadrado A*, Gómez-López G, Pisano DG, Losada A. A unique role of cohesin-SA1 in gene regulation and development. EMBO Journal (2012) 31:2090-2102.

-      Cuadrado A, Silvia Remeseiro, Gómez-López G, Pisano DG, Losada A. The specific contributions of cohesin-SA1 to cohesion and gene expression: implications for cancer and development. Cell Cycle (2012) 11(12):2233-8.

-      Baquero-Montoya C, Gil-Rodríguez M, Teresa-Rodrigo M, Hernández-Marcos M, Bueno-Lozano G, Bueno-Martínez I, Silvia Remeseiro, Fernández-Hernández R, Bassecourt-Serra M, Rodríguez de Alba M, Queralt E, Losada A, Puisac B, Ramos F, Pié J. Could a patient with SMC1A duplication be classified as a human cohesinopathy? Clinical Genetics (2013) May 17. Doi: 10.1111/cge. 12194, 2014:85:446-451.

-      Carretero M, Silvia Remeseiro, Losada A. Cohesin ties up the genome. Current Opinion in Cell Biology (2010) 22(6):781-7.

-      Ruiz-Romero C, Carreira V, Rego I, Silvia Remeseiro, López-Armada MJ, Blanco FJ. Proteomic analysis of human osteoarthritic chondrocytes reveals protein changes in stress and glycolysis. Proteomics (2008) 8(3):495-507.

Other publications

- Silvia Remeseiro# Mapping the Epigenetic Landscape of Glioblastoma Progression. Scientia (2025) https://doi.org/10.33548/SCIENTIA1177 

- Silvia Remeseiro#. Nya mål för att blockera neuron-till-gliom-synapser i glioblastom. Neurologi i Sverige (2024) nr 1-24.

- Silvia Remeseiro#. Nya mål för att blockera neuron-till-gliom-synapser i glioblastom. Onkologi i Sverige (2024) nr 2-24.