ͯÑÕÊÓƵ

Doktorand i växtbiologi inom funktionell genomik i barrträd

Institutionen för fysiologisk botanik

Institutionen för fysiologisk botanik vid Umeå universitet utlyser en doktorandanställning inom projektet Con-TEki, som undersöker rollen hos transposabla element (TEs) som drivkrafter för regulatorisk innovation i barrträd (gran och tall).

Institutionen är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC; www.upsc.se), en internationellt ledande forskningsmiljö med cirka 200 forskare inom växtbiologi, inklusive molekylärbiologi, genomik, fysiologi och bioinformatik. UPSC erbjuder tillgång till avancerad infrastruktur för växttransformation, sekvensering, beräkningsanalys och avancerad mikroskopi i en starkt samarbetsinriktad och tvärvetenskaplig miljö.

Projektbeskrivning

Barrträdsgenom är mycket stora och rika på transposabla element, men de funktionella konsekvenserna av TE-integrationer för genreglering är fortfarande dåligt förstådda. Con-TEki-projektet syftar till att förstå hur TE-härledda regulatoriska element bidrar till divergens i genuttryck och adaptiva responser i barrträd.

Detta doktorandprojekt fokuserar på utveckling och implementering av metoder för funktionell validering av regulatoriska element i barrträdssystem. Arbetet kommer att integrera storskaliga regulatoriska genomikdata med experimentell molekylärbiologi för att direkt testa hypoteser genererade från genomdata.

Projektet omfattar integration av genomdata (t.ex. kromatintillgänglighet, genuttryck och metyleringsdata) med experimentella metoder för att validera kandidatregulatoriska element och genregulatoriska mekanismer. Särskild vikt kommer att läggas vid att etablera robusta och reproducerbara arbetsflöden för funktionella analyser i gran och tall.

Inom ramen för projektet ges goda möjligheter att utveckla kompetens i gränslandet mellan experimentell molekylärbiologi och bioinformatik. Projektet kommer att använda transformations- och valideringsplattformar vid UPSC, vilket möjliggör direkt testning av kandidatregulatoriska element i barrträdssystem. Projektet är särskilt väl lämpat för kandidater med ett starkt intresse för utveckling och optimering av experimentella metoder. Erfarenhet av reportergenanalyser, transienta expressionssystem eller genomredigering är särskilt meriterande.

Arbetsuppgifter

Doktoranden kommer att utbildas i att:

• Utveckla och implementera experimentella metoder för funktionell validering av regulatoriska element
• Utföra molekylärbiologiska experiment, inklusive nukleinsyraextraktion och bibliotekspreparering för sekvensering
• Bidra till generering, bearbetning och tolkning av genomdata
• Integrera experimentella resultat med beräkningsbaserade analyser
• Utveckla reproducerbara arbetsflöden för experimentella och analytiska moment
• Delta i vetenskaplig kommunikation genom presentationer och publikationer

µþ±ð³óö°ù¾±²µ³ó±ð³ÙÌý

Grundläggande behörighet har den som har avlagt en examen pÃ¥ avancerad nivÃ¥, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng pÃ¥ avancerad nivÃ¥ eller pÃ¥ nÃ¥got annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. Fakultetsnämnden fÃ¥r för en enskild sökande medge undantag frÃ¥n kravet pÃ¥ grundläggande behörighet om det finns särskilda skäl. (HF 7 kap 39 §) Ìý

För att uppfylla kravet pÃ¥ särskild behörighet att antas till utbildning pÃ¥ forskarnivÃ¥ i växtbiologi krävs att den sökande fullgjort kursfordringar om minst 90 högskolepoäng pÃ¥ avancerad nivÃ¥ i biologi, eller andra ämnen med relevans för forskningsomrÃ¥det, t ex, kemi, fysik eller datavetenskap. Av dessa mÃ¥ste minst 15 högskolepoäng vara frÃ¥n kurser med direkt relevans för forskningsprojektet, och minst 15 högskolepoäng frÃ¥n ett individuellt projektarbete. ÌýGoda kunskaper i engelska, bÃ¥da skriftliga och muntliga, är ocksÃ¥ ett krav. Ìý

Kraven pÃ¥ förkunskaper enligt ovan anses uppfyllda även av den som i annan ordning förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.Ìý

Kvalifikationer

Krav

• Praktisk erfarenhet av molekylärbiologiska metoder
• God förmÃ¥ga att arbeta experimentellt pÃ¥ ett strukturerat och reproducerbart sätt
• God förmÃ¥ga att kommunicera pÃ¥ engelska i tal och skrift

Meriterande

• Erfarenhet av högkapacitetssekvensering (t.ex. RNA-seq, ATAC-seq eller liknande)
• Erfarenhet av arbete med växtmaterial
• Erfarenhet av bioinformatik, programmering eller dataanalys
• Erfarenhet av metodutveckling och optimering

Om anställningen

Anställningen syftar till en doktorsexamen och doktorandens huvuduppgift är att ägna sig Ã¥t sin forskarutbildning vilket innefattar sÃ¥väl deltagande i ovan beskrivna forskningsprojekt som i forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan undervisning och annat institutionsarbete (maximalt 20%) ingÃ¥. Anställningen är tidsbegränsad till fyra Ã¥r heltid eller upp till fem Ã¥r vid undervisning deltid. Löneplaceringen sker enligt fastställd lönestege för doktorandanställning.Ìý

Tillträde den 5 oktober 2026 eller enligt överenskommelse.

´¡²Ô²õö°ìan

´¡²Ô²õö°ìan ska vara skriven pÃ¥ engelska (företrädesvis) eller svenska och lämnas via UmeÃ¥ universitets rekryteringssystem Varbi. Sista ansökningsdag är 31 juli, 2026.

En fullständig ansökan ska innehålla:

• Personligt brev (max 2 sidor) där du beskriver dina kvalifikationer och vad som motiverar dig till att söka anställningen
• CV
• Kopior av examensbevis och dokumentation av fullföljda högskolekurser och betyg
• Kontaktuppgifter till 2–3 referenser
• Eventuella övriga handlingar som den sökande vill Ã¥beropa

Kontakt

Vid frÃ¥gor, kontakta: Professor Nathaniel R. Street, UmeÃ¥ universitet, nathaniel.street@ͯÑÕÊÓƵ

Ìý